El FBI y su director J. Edgar Hoover mantuvieron relaciones antagónicas con Martin Luther King. A partir de una orden escrita del ministro de justicia Robert Francis Kennedy, el FBI comenzó a investigarlo a él y a la Southern Christian Leadership Conference (SCLC, « Conferencia principal de los cristianos del sur »), en 1961.
Las investigaciones fueron superficiales hasta 1962, cuando el FBI descubrió que uno de los consejeros más importantes de King, Stanley Levison, tenía relaciones con el Partido Comunista de los Estados Unidos. De acuerdo con una de sus declaraciones bajo juramento en el House Un-American Activities Committee (Comité de asuntos antiestadounidenses), uno de los ayudantes de Martin Luther, Hunter Pitts O'Dell, tenía también relaciones con el partido comunista. El FBI intervino las líneas telefónicas en las casas y oficinas de King y de Levison, también en los hoteles donde se hospedaban cuando estaban de viaje por el país. El FBI informó además al entonces Fiscal General Robert F. Kennedy y al entonces Presidente John F. Kennedy, quienes fallidamente intentaron persuadir a King de que se apartara de Levison.
Por su parte, Martin Luther negó categóricamente tener relaciones con los comunistas, diciendo en una entrevista "que había tantos comunistas en su movimiento de libertades como esquimales en Florida"; Hoover respondió acusándolo de ser "el mentiroso más grande del país".[97
Este intento de probar que Martin Luther King era comunista se debía en gran parte a que muchos de los segregacionistas creían que los negros del sur habían estado hasta el momento felices con su situación pero que estaban siendo manipulados por « comunistas » y « agitadores extranjeros ». Stanley Levinson, abogado, había tenido relaciones con el partido comunista a lo largo de negociaciones comerciales, pero el FBI rechazó creer los informes que indicaban que no tenía ninguna asociación con ellos.
Como no se pudo encontrar políticamente nada contra Luther King, los objetivos y las investigaciones del FBI cambiaron y se centraron en intentar desacreditarlo a través de su vida privada. Se intentó en primer lugar probar que era un marido infiel. Las grabaciones, algunas de ellas hechas públicas tiempo después, no aportaron ninguna prueba concluyente al respecto, a pesar de las observaciones de ciertos oficiales o del mismo presidente Johnson que había llegado a decir de él que se trataba de un « predicador hipócrita ». Tampoco algunos libros aparecidos en los años 80 pudieron aportar pruebas.
El FBI distribuyó informes sobre estas supuestas desviaciones en su vida privada a periodistas amigos, aliados o posibles fuentes de financiación del SCLC, e incluso a la propia familia de Martin Luther. La agencia envió también cartas anónimas al interesado amenazándolo con revelar más informaciones si no abandonaba su militancia por los derechos civiles. Alguna carta ha sido incluso interpretada como una invitación a que Martin Luther se suicidase.[105]
Finalmente, el FBI abandonó sus investigaciones sobre la vida privada de Martin Luther y el acoso para concentrarse en el SCLC y el movimiento Black Power. Pero después de que una manifestación pacífica en Memphis en marzo de 1968 fuese desbordada por elementos violentos del black power, Hoover, que tenía a un agente infiltrado en la jerarquía del SCLC, lanzó una nueva campaña de descrédito contra Martin Luther King. Así, el 2 de abril tuvo constancia de que se habían reanudado las escuchas. El mismo día de su asesinato, la oficina del FBI en Mississipi propuso dos nuevos programas de contra-información (COINTELPRO) utilizando rumores y desinformación « para desacreditar a King ante los pobres negros cuyo apoyo busca ».[106]
El último contacto del FBI con Martin Luther King fue el momento de su asesinato. La agencia lo vigilaba en el Lorraine Motel desde un edificio al otro lado de la calle, muy cerca de donde se situó James Earl. Fueron miembros del FBI los primeros que acudieron junto a Martin Luther a proporcionarle los primeros cuidados en cuanto fue disparado. Para los partidarios de una teoría conspiratoria, su presencia tan próxima al lugar del crimes es una confirmación de su implicación en el asesinato.
El 31 de enero de 1977, en los casos “Bernard S. Lee v. Clarence M. Kelley, et al.” y “Southern Christian Leadership Conference v. Clarence M. Kelley, et al.”, el juez John Lewis Smith Jr. ordenó que todas las grabaciones y transcripciones manuales conocidas y existentes resultado del espionaje al que fue sometido Luther King entre 1963 y 1968, fuesen conservadas en la National Archives and Records Administration y su consulta pública prohibida hasta el año 2027.
